| Doubles | |
|---|---|
| 2006 U.S. Men's Clay Court Championships | |
| Champions | |
| Runners-up | |
| Score | 5–7, 6–4, [10–5] |
| Draw | 16 |
| Seeds | 4 |
Mark Knowles and Daniel Nestor were the defending champions, but lost in the first round this year.
Michael Kohlmann and Alexander Waske won in the final 5–7, 6–4, [10–5], against Julian Knowle and Jürgen Melzer.
Key
| First round | Quarterfinals | Semifinals | Final | ||||||||||||||||||||||||
| 1 | | 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||||
| WC | | 3 | 4 | 1 | | 7 | 64 | [7] | |||||||||||||||||||
| | 6 | 6 | | 5 | 77 | [10] | |||||||||||||||||||||
| | 3 | 0 | | 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||
| 4 | | 6 | 2 | [10] | 4 | | 4 | 3 | |||||||||||||||||||
| | 1 | 6 | [8] | 4 | | w/o | |||||||||||||||||||||
| | 3 | 6 | [2] | | |||||||||||||||||||||||
| | 6 | 4 | [10] | | 5 | 6 | [10] | ||||||||||||||||||||
| | 3 | 68 | 3 | | 7 | 4 | [5] | ||||||||||||||||||||
| | 6 | 710 | | 7 | 5 | [8] | |||||||||||||||||||||
| | 5 | 6 | [6] | 3 | | 5 | 7 | [10] | |||||||||||||||||||
| 3 | | 7 | 0 | [10] | 3 | | 6 | 7 | |||||||||||||||||||
| Alt | | 5 | 3 | WC | | 4 | 5 | ||||||||||||||||||||
| WC | | 7 | 6 | WC | | 7 | 6 | ||||||||||||||||||||
| | 6 | 2 | [10] | | 5 | 1 | |||||||||||||||||||||
| 2 | | 4 | 6 | [6] | |||||||||||||||||||||||